Le Lycée Professionnel Joseph Cugnot – Lycée des Métiers du Transport, de l’Automobile et de la Maintenance de Chinon dépend du rectorat de l’Académie d’Orléans-Tours (services déconcentrés du Ministère de l’Éducation Nationale) en ce qui concerne la gestion des personnels administratif, de santé et d’enseignement et de la Région Centre (collectivité territoriale) pour tout ce qui concerne la gestion des bâtiments, le matériel et les personnels de service.
Le lycée travaille aussi avec différents partenaires qui sont sous la tutelle du Ministère de l’Éducation Nationale.